There are many cases in the Gemara of הודו ב”ה לדברי ב”ש and קם אביי בשיטתיה דרבא, קם רבא בשיטתיה דאביי, ורמי דאביי אדאביי, ורמי דרבא אדרבא in Shabbos 92.
And then, of course, in Eiruvin 90b:
אמר ליה רב חייא בר יוסף לשמואל הילכתא כוותך או הילכתא כרב אמר ליה הילכתא כרב.
That’s what happens when the Machlokes is entirely to find the truth.